縣級國庫集中支付運行過程中，凸現出來的問題

(一)收支確認的基礎改變
預算單位收到的財政資金，一方面表現為收入的增加，另一方面表現為費用的增加或非貨幣性資產的增加。那么，收支應該如何確認？和現行行政事業單位會計制度相比，出現了很大的不同。給預算單位財會人員帶來諸多困惑，有的會計人員只要申請計劃就做了收入，而不是實際支付時才做收入，到年終算賬時也容易出現口徑上的理解不一致。
(二)預算編制與執行銜接不到位，導致有的預算單位難以依法理財
實行國庫集中支付后，預算單位必須依據批復的年度財政預算編制本單位的分月用款計劃，在下達的用款計劃額度內按照預算項目進行支出。但每年在縣級人大通過年度預算之前，單位出現無預算指標可用，預算編制與執行銜接不到位，導致有的預算單位延遲專項的支付，或用其他項目資金墊付，造成預算項目的混用和竄用，違背了“依法理財”的國庫集中支付初衷。
(三)縣級直接支付撥款書在票據管理上缺乏現實法律依據
《票據法》規定，票據法規范的票據是主要指匯票、本票和支票。財政撥款書既非支票、也不屬于本票、匯票，在出現票據風險時難以做到“有法可依”。并且在實際工作中，縣級財政用直接支付撥款書還必須去上級財政部門領取，造成一些工作上的不便，難免出現管理疏松，不嚴格執行編號連續、廢票登記交回制度等情況。
(四)財政直接支付存在的資金風險
財政直接支付取消了資金撥付的中間環節，方便快捷。由于對現金支付的嚴格限制，在直接支付時可能存在著借用賬號、借用發票等行為；收款人、收款賬戶是否真實，業務是否實際發生難以核實，導致可能存在預算單位虛假套取財政資金的風險。
(五)資金清算速度較慢
從清算流程看，從預算單位到預算部門申請用款，到國庫管理部門批準計劃，再到國庫支付中心進行支付。這三個環節需要一定時間，支付中心和代理銀行實行清算，又需要一定的時間。一旦因收款人賬號有誤等原因造成撥款退回，則資金在途時間更長，有時甚至長達十余天，極大地影響了國庫集中支付作用的發揮。
(六)財政內部管理風險
縣級財政作為縣級國庫集中支付制度的執行機構，具有絕對控制資金流向的權利。用款計劃的申請、審核、批準、支付都通過網絡進行，工作中難免有疏忽遺漏現象，特別是在月末、年終出現資金大量支付時，更增加了資金安全支付的風險。所以建立健全的監督制約機制是非常必要的，但是現行的縣級財政監督制約機制具有滯后性，還遠遠達不到要求。